Den plats där moskén står, är en helig plats på jorden. Allah, den Upphöjde, har från början av skapelsen valt och bestämt att den platsen skall vara en plats för bön för alla (troende) monoteister. Där ligger den andra moskén som är byggd på jorden.
Från Abu Dharr berättas att han sade: "O Allahs sändebud, var är den första moskén på jorden anlagd? "Han sade: "I heliga Mecka, Masjid al-Haram”. Jag frågade sedan: "Var finns den andra moskén?" Han sade: "I Bait Al-Maqdis, Al-Aqsa moskén". Jag frågade: "Hur stor är tidsskillnaden mellan upprättningen av dessa två moskéer?" Han sade: "Fyrtio år, och när du skall utföra bön, så kan du utföra bön över hela jorden, eftersom hela jorden är en plats för bön". (Muslim)
När Adam hade byggt Kaba klart, beordrade Allah honom att gå till Bait Al-Maqdes (Jerusalem), där Al-Aqsa moské står idag, och bygga upp en moské där man skall dyrka Allah. Detta var den första byggnaden som uppfördes i Jerusalem.
Profeten (frid och välsignelser vare över honom) sade: "Efter att Sulaiman (Salomon), Davids son, hade byggt färdigt moskén Al-Aqsa i Bait Al-Maqdis (Jerusalem), bad han Allah om: Styre och rikedom som ingen förut haft och som ingen skulle komma att få efter honom; och att ingen skulle komma till denna moské för att be i den, utan att bli förlåten för alla sina fel. Två av hans böner (önskningar) beviljades honom, och jag hoppas att den tredje ska beviljas för mig.
Det var den första av de två Qibla (bönriktningar) som profeten (frid och välsignelser vare över honom) och muslimerna vände sig till under sina böner, varefter de blev beordrade att byta Qibla (bönriktinig) mot Kaba i Mecka. Under nattresan/ himmlafärden, stannade profeten (frid och välsignelser vare över honom) vid moskén Al-Aqsa i Bait Al-Maqdis (Jerusalem), och därifrån steg han upp till himlen. Under nattresan ledde han alla profeterna i bön. Allah (y) säger: ZSTOR är [Allah] i Sin härlighet, Han som under natten förde Sin tjänare från den heliga Moskén till den fjärran böneplatsen, vars omgivningar Vi har välsignat, för att visa honom några av Våra tecken; Han är Den som hör allt, ser allt.[ (Koranen/ 17: Al-Isra (Den nattliga resan) :1) Al-Aqsa i Bait Al-Maqdis (Jerusalem) är den tredje Al-Haram (skyddad plats för tillbedjan/helig plats), efter den stora moskén i Mecka (Kaba) och Profetens moské i Medina.